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Geração e análise comparativa de seqüências genômicas de Trypanosoma rangeli

by Wagner, Glauber

Abstract (Summary)
O protozoário hemoflagelado Trypanosoma (Herpetosoma) rangeli Tejera, 1920, (Kinetoplastida: Trypanosomatidae) compartilha diversas espécies de hospedeiros invertebradose vertebrados com T. cruzi, agente etiológico da doença de Chagas. Recentemente, foram publicados os genomas de 3 espécies de tripanosomatídeos de alta relevância em saúde humana (Tri-Tryps). Porém, espécies não-patogênicas não possuem o mesmo status, e como T. rangeli não determina nenhuma patogenia ao homem, poucos trabalhos no âmbito genômico tem sido desenvolvidos. Duas abordagens metodológicas têm sido utilizadas na busca de genes emdiversas espécies, a GSS (Genome Sequence Survey) que visa a geração de seqüências de clones de DNA genômico gerados aleatoriamente e a EST (Expressed Sequence Tags) que visa a geração de seqüências a partir de bibliotecas de cDNA. Neste trabalho seqüenciamos 1.720 seqüências genômicas de T. rangeli cepa SC58 através de GSS. Foi também desenvolvido no âmbito do presente estudo um sistema de anotação de seqüências, chamado GARSA GenomicAnalysis Resources for Sequence Annotation). Neste sistema, é possível executar 21 programas de bioinformática, que vão desde a avaliação de qualidade e limpeza das seqüências até análise filogenética e domínios protéicos, numa forma simples e intuitiva. Após a limpeza dos 1.720 cromatogramas, um total de 915 seqüências foi agrupado em 375 seqüências não redundantes (GSS-nr). O conteúdo G+C das regiões codificantes foi de 55%. Análises de similaridadeutilizando os programas BLAST e Interpro, identificaram similaridade em 68% das seqüências, sendo 53% proteínas hipotéticas de organismos pertencentes à mesma família, notadamente o T. cruzi. Também foram encontradas seqüências associadas ao processo de edição de mRNA(DEAD box helicase), bem como seqüências relacionadas a superfície do parasito, como transsialidase, metaloproteases e mucinas. Foram realizadas anotações funcionais baseadas novocabulário proposto pelo Consórcio Gene Ontology, sendo que a maior parte das anotações dentro da categoria de função molecular está relacionada com RNA helicase, serino peptidases e proteínas ligantes. Para 31% das seqüências não foi possível inferir as funções com base na similaridade com genes já determinados, podendo estas serem seqüências ainda não determinadas, seqüências específicas de T. rangeli ou regiões intergênicas. Até o presente momento nenhum trabalho com a finalidade de seqüenciar o genoma de T. rangeli foi desenvolvido, portanto este trabalho pode ser considerado como o primeiro com o objetivo de explorar em maior escala o genoma desta espécie.
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Bibliographical Information:

Advisor:Alberto Martin Rivera Dávila; Edmundo Carlos Grisard

School:Faculdades Oswaldo Cruz

School Location:Brazil

Source Type:Master's Thesis

Keywords:Biologia computacional anotação BIOLOGIA MOLECULAR Computacional

ISBN:

Date of Publication:05/05/2006

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