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Análise da anotação funcional e expressão gênica diferencial da família de proteínas WD de Trypanosoma cruzi.

by Passos, Tatiana dos

Abstract (Summary)
As proteínas contendo módulos WD representam um dos grupos funcionais gerais mais comuns em Trypanosoma cruzi. Esse módulo, usualmente encontrado em repetições, se estende poraproximadamente 40 aminoácidos, geralmente terminando em um dipeptídeo triptofano-ácido aspártico (WD), sendo que as repetições possivelmente formam uma estrutura circularizada dotipo beta-propeller. As proteínas contendo módulos WD constituem-se em uma família muito ampla, encontrada em todos os eucariotos, cuja função primária do módulo é a formação de um arcabouço rígido para a interação entre proteínas, sendo que a especificidade funcional das proteínasda família WD é determinada pelo restante da seqüência. As funções são diversas, como transdução de sinal, regulação da transcrição, controle do ciclo celular e apoptose. O objetivo dopresente trabalho foi identificar, descrever e caracterizar as proteínas WD em T. cruzi, bem como avaliar o perfil de expressão diferencial a partir de dados de microarranjo e proteômica. Em Trypanosoma cruzi, foram preditos 211 genes distintos contendo módulos WD identificados, sendoque após uma etapa de eliminação de redundância gênica, tendo em vista o estado atual da montagemdo genoma dessa parasita, foram definidos 117 seqüências codificadoras minimamente distintas, denominadas supra-genes. A grande maioria desses supra-genes (81,2%) não apresentauma anotação funcional (isto é, são caracterizadas como proteínas hipotéticas), sendo que os genes contendo anotação funcional estão geralmente associados à citoesqueleto, tráfego de vesículas e sinalização. Uma descrição das características bioinformáticas por similaridade de seqüências protéicas, bem como a revisão da literatura pertinente, foi realizada para essas 117 proteínas. A grande maioria das proteínas WD descritas em eucariotos são encontradas em T. cruzi, T. brucei eLeishmania major, organismos relativamente próximos filogeneticamente e coletivamente denominadosTriTryps. Apenas 3 supra-genes foram encontrados apenas em T. cruzi. A grande maioria das proteínas WD (88%) não apresenta módulos acessórios identificados. Após análise de similaridade realizada para os 117 genes WD, 37 proteínas hipotéticas (38,9% dos 95 genes sem anotação funcional) foram reanotadas com uma provável função celular. Os principais processos celulares são: biogênese do ribossomo, flagelo, splicing do mRNA. Resultados de microarranjo relativosao processo de metaciclogênese e ciclo de vida de T. cruzi (PROBST et al., em preparação) e os resultados de proteômica relativos às formas do ciclo de vida (ATWOOD et al., 2005) foram analisados. Um total de 44 genes WD (37,60%) mostrou-se modulados por microarranjo duranteo processo de diferenciação e peptídeos foram identificados para 9 proteínas WD, reforçando a importância funcional dessa família. Dados de um microarranjo de oligonucleotídeos 60 mer, abrangendo praticamente todos os genes da família WD foi desenvolvido nesse trabalho. Um total de 41 genes (29,92%) com expressão diferencial foi identificado. A clonagem destes genes foi iniciada visando caracterização molecular e funcional posterior.
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Bibliographical Information:

Advisor:Christian Macagnan Probst; Marco Aurélio Krieger

School:Faculdades Oswaldo Cruz

School Location:Brazil

Source Type:Master's Thesis

Keywords: Triptofano Expressão Gênica

ISBN:

Date of Publication:12/01/2006

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