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Genes de lignificação em eucalyptus: estrutura e diversidade genética dos genes 4cl e ccoaomt

by Santos, Suzana Neiva

Abstract (Summary)
O presente trabalho teve como objetivo o estudo da diversidade nucleotídica em dois genes chave na via de biossíntese de lignina. Os genes 4cl e ccoaomt foram estudados em amostras de populações naturais de três espécies comerciais de eucalipto, E. grandis, E. globulus e E. urophylla. A mineração de um banco de dados de ESTs gerado no projeto Genolyptus revelou a presença de diferentes isoformas destes genes e uma riqueza de seqüências suficientes para detecção de SNPs. Para o gene 4cl, as tentativas de resseqüenciamento sugeriram a existência de várias cópias do gene no genoma do eucalipto indicando a necessidade de clonagem prévia de amplicons para futuros estudos de diversidade de seqüência. A análise de um trecho de 440 pb do gene ccoaomt revelou uma freqüência de 1 SNP a cada 55 pb, 63 pb e 220 pb respectivamente para E. grandis, E. urophylla e E. globulus. E. grandis (= 0,00356) apresentou o dobro de diversidade nucleotídica do que E. globulus (= 0,00168) e cerca de 1,4 vezes mais que E. urophylla (= 0,00254). Observa-se ainda que E. grandis, a espécie com a maior distribuição geográfica e portanto maior oportunidade de fluxo gênico, apresentou, de fato, valores mais altos de diversidade nucleotídica e haplotípica. SNPs fixados ou quase fixados bem como indel privativos foram observados em E. urophylla, a espécie disjunta que ocorre nas ilhas ao norte da Austrália. Foram detectados polimorfismos não sinônimos, potenciais alvos interessantes para estudos de variabilidade na atividade da enzima. A análise da extensão do desequilíbrio de ligação, embora limitada a apenas um gene e com base em poucos sítios polimórficos, sugere que dentro de um gene e a distâncias menores do que ~250 pb, SNPs tendem a se encontrar em forte desequilíbrio de ligação. O seqüenciamento e montagem de um clone BAC resultaram na obtenção da seqüência completa da região codante do gene 4cl com 5.203 pb. A obtenção desta seqüência com o início de transcrição, inédita para Eucalyptus, abre possibilidades interessantes de estudos detalhados da diversidade nucleotídica e padrões de DL ao longo deste gene em populações de clones fenotipados, no sentido de buscar associações entre haplótipos específicos e variação quantitativa em propriedades químicas da madeira.
Bibliographical Information:

Advisor:Alexandre Siqueira Guedes Coelho; Rinaldo Wellerson Pereira; Georgios Joannis Pappas Júnior; Dario Grattapaglia

School:Universidade Católica de Brasília

School Location:Brazil

Source Type:Master's Thesis

Keywords:genetica bac 4cl ccoaomt diversidade nucleotídica nucleotide diversity eucalyptus

ISBN:

Date of Publication:08/26/2005

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