Details

Duplicacions segmentàries a la regió cromosòmica humana 8P23.1: evolució i expansió d'una nova família gènica

by Bosch Pages, Nina

Abstract (Summary)
Les duplicacions segmentàries (DSs), o també anomenades duplicons o Low copy Repeats (LCRs), són regions de coma mínim 1 kb amb un alt nivell didentitat (>90%), que estan presents almenys dues vegades en el genoma. La regió 8p23.1 consta de 6.5 Mb a la part distal del braç curt del cromosoma 8 i està flanquejada per duplicacions segmentàries. Degut a la seva arquitectura genòmica aquesta regió és susceptible a patir reordenaments mediats per recombinació homòloga no allèlica entre les DSs, com per exemple la inversió polimòrfica de 8p23.1 [inv(8)(p23)], present en un de cada quatre individus de la població general europea i japonesa, així com daltres reorganitzacions menys corrents. El treball realitzat en aquesta tesi doctoral pretén aprofundir en la caracterització de la complexa arquitectura genòmica daquesta regió. En la nostra primera aproximació a lestudi de les DSs que flanquegen la regió cromosòmica 8p23.1, es va identificar una nova família gènica específica de primats, la família gènica FAM90A.Així, bona part daquesta tesi doctoral està centrada en lanàlisi de lorigen, formació, evolució i expansió de FAM90A en els homínids. Per altra banda també sha analitzant en detall la variabilitat de FAM90A com a variant en número de còpia (CNV) en diferents poblacions humanes. Finalment, sha establert la freqüència de la inversió que afecta a 8p23.1 en població espanyola. També sha procedit a genotipar diversos individus homozigots per la inversió i sha predit l estatus de la inversió en 150 individus del projecte HapMap i sha analitzat lefecte que té aquesta reorganització sobre els nivells dexpressió dels gens de la regió. Segmental duplications (SDs), also known as duplicons or Low Copy Repeats (LCRs), are regions of a minimum of 1 kb with a high sequence identity level (>90%), which are present at least two times in the genome. The 8p23.1 region extends 6.5 Mb at the distal part of the short arm of chromosome 8 and it is flanked by segmental duplications. Due to its genomic architecture the region is prone to suffer rearrangements mediated by non-allelic homologous recombination between these SDs, such as the polymorphic inversion of 8p23.1 [inv(8)(p23)], which is present in one out of every four of European and Japanese general population individuals, as well as other less frequent rearrangements. The aim of the work presented in this doctoral thesis is to get insights in the characterization of the genomic architecture of this complex region. Our first approach to study the SDs flanking 8p23.1 region resulted in the identification of a novel gene family which is primate specific, the FAM90A gene family. Thus, this doctoral thesis is mainly focused on the analysis of the origins, formation, evolution and expansion of FAM90A in hominoids. It has also been analyzed in detail the variability of FAM90A as a copy number variant (CNV) in different human populations. Finally, it has been established the frequency of the inversion affecting 8p23.1 region in the Spanish population. Several homozygous inverted individuals have been genotyped and the status for the inversion has been predicted for 150 HapMap individuals, as well as the effect of this rearrangement on the gene expression levels of the genes contained in the region.
This document abstract is also available in .
Bibliographical Information:

Advisor:Armengol Dulcet, Lluís ; Estivill Pallejà, Xavier

School:Universitat Pompeu Fabra

School Location:Spain

Source Type:Master's Thesis

Keywords:ciències experimentals i de la salut

ISBN:

Date of Publication:12/19/2008

© 2009 OpenThesis.org. All Rights Reserved.