Details

Desenvolvimento de marcadores microssatélites (SSR) em arachis hypogaea

by Tenório Leoi, Lélia Cristina

Abstract (Summary)
Entre as plantas cultivadas com base genética estreita, encontra-se o amendoim da espécie Arachis hypogaea L. (Leguminosae). Esta espécie é um alotetraplóide, provavelmente oriunda por domesticação da espécie também tetraplóide A. monticola e esta por sua vez do cruzamento entre duas espécies silvestres distintas do gênero Arachis. O maior interesse pela prospecção, resgate e caracterização de germoplasma das espécies do gênero Arachis reside em seu potencial de fornecimento de genes úteis para o melhoramento do A. hypogaea, bem como na preservação da variabilidade genética populacional localizada em áreas de risco de devastação. Marcadores microssatélites são ideais para aplicações no melhoramento de plantas por sua natureza co-dominante, alto polimorfismo e conteúdo informativo. Neste trabalho foram isolados microssatélites através de metodologias de enriquecimento de bibliotecas genômicas para seqüências repetitivas contendo dinucleotídeos TC. As colônias da biblioteca foram seqüenciadas aleatoriamente não ocorrendo seleção por hibridização ou PCR-ancorado. A partir de uma biblioteca genômica enriquecida foram seqüenciados 598 clones. Essas seqüências foram processadas com o auxílio de um script Perl identificando ao total 144 seqüências com microssatélites, após análise de redundância o número de contigs abaixou para 138 e destes, apenas 77 (55%) apresentaram condições de desenhar marcadores por apresentarem tamanho suficiente de repetição e suas posições na seqüência serem adequadas para os desenhos dos pares de primers flanqueadores. Todas os cromatogramas que continham as seqüências repetidas foram previamente analisados e visualizadas com o auxílio do programa interativo Staden, cuja função foi a de organizar e verificar as sobreposições de seqüências, além de realizar a inspeção e edição manual das seqüências. Os pares de primers flanqueadores das regiões repetidas foram desenhados com o auxílio do programa Primer3. Todas as seqüências obtidas através do seqüenciamento foram analisadas posteriormente através do programa Blast-X para se verificar homologia com seqüências depositadas no banco de proteínas de Arabidopsis thaliana. Entre as 576 seqüências analisadas, 42 apresentaram homologia com algum gene, sendo destas, 13 oriundas de seqüências com regiões ricas em microssatélites. Entre as seqüências sem SSR foram encontradas homologias frequentes com retrotransposons, sugerindo abundância destes elementos no genoma de A. hypogaea.
This document abstract is also available in English.
Bibliographical Information:

Advisor:Rosane Garcia Collevatti; Dario Grattapaglia; David John Bertioli; Claudio Brondani

School:Universidade Católica de Brasília

School Location:Brazil

Source Type:Master's Thesis

Keywords:Ciências Biológicas amendoim - marcadores genéticos meios de cultura (biologia)

ISBN:

Date of Publication:07/10/2003

© 2009 OpenThesis.org. All Rights Reserved.