Computational insights into intergenic regions and overlapping genes among prokaryote genomes

by Pallejà Caro, Albert

RESUM Computational Insights into Intergenic Regions and Overlapping Genes among Prokaryote Genomes Tot i la gran varietat destils de vida de les espècies bacterianes, tots ells presenten trets arquitectònics comuns. En aquesta tesi sestudia les regions intergèniques i els solapaments entre gens en els genomes procariotes. Hem vist que per predir els orígens de replicació, a part de lanàlisi de la composició de nucleòtids del DNA, es requereix experiments computacionals complementaris per aconseguir millors prediccions. Els solapaments entre gens acostumen a ser curts, respecten el codi genètic i es veuen influenciats per la pressió selectiva en contra de grans solapaments. En canvi, com més llarg és un solapament entre dos gens, més risc hi ha que una mutació pugui afectar a dues proteïnes de la cèllula al mateix temps. Hem detectat que els solapaments més llargs de 60 parells de bases són deguts a errors en la seqüenciació o en lanotació dels gens. En quant a les regions intergèniques, hem vist que la presència duna seqüència reguladora entre gens, com és la Shine-Dalgarno (responsable de iniciar eficientment la traducció de RNA missatger a proteïna) pot influir en la mida daquestes regions i afectar lús de codons daturada. Finalment, hem construït una aplicació web ( http://genomes.urv.cat/pwneigh/ ) que permet estudiar fàcilment la conservació els solapaments en les espècies i les regions intergèniques en els genomes procariotes.