Details

Codon usage adaptation in prokaryotic genomes

by Puigbó Avalos, Pedro

Abstract (Summary)
TÍTOL: Codon usage adaptation in prokaryotic genomes. AUTOR: Pere Puigbò Avalos. DIRECTOR: Dr Santiago Garcia Vallvé. La tesi esta basada en ladaptació de lús de codons a genomes procariotes, especialment ladaptació de lús de codons a una alta expressió. Hi ha un grup de genomes procariotes, els quals estan sota una selecció traduccional, que tenen un grup de gens amb un ús de codons esbiaixat de la resta de gens del genoma i adaptats a labundància dels tRNA. Hem desenvolupat un nou algoritme per a avaluar si un genoma esta sota selecció traduccional i predir els gens altament expressat de tots els genomes sota selecció traduccional. Aquestes prediccions són públiques a la base de dades HEG-DB (http://genomes.urv.cat/HEG-DB), la qual sha publicat a la revista Nucleic Acids Research. Les prediccions de gens altament expressats shan fet servir com a filtre en les prediccions de gens adquirits per transferència horitzontal, ja que els gens altament expressats molts cops son predits com a falsos positius en la predicció de gens adquirits. Amb les dades de la predicció de gens altament expressats, també hem desenvolupat una nova eina Bioinformàtica, anomenada OPTIMIZER (http://genomes.urv.cat/OPTIMIZER) i publicada al Nucleic Acids Research, per tal doptimitzar lús de codons dun gen per a incrementar la seva expressió en experiments dexpressió heteròloga de proteïnes. També hem estudiat un cas particular dadaptació de lús de codons. El cas de l amelioration, que és ladaptació de lús de codons que pateix un gen inserit en un genoma hoste. Aquest cas lhem estudiat amb els gens mitocondrials que varen saltar al genoma nuclear i varen haver dadaptar el seu us de codons mitocondrial a lús de codons del genoma nuclear. Per tal destudiar lamelioration, hem desenvolupat un nou índex anomenat CAI esperat (eCAI) i una nova eina Bioinformàtica anomenada CAIcal (http://genomes.urv.cat/CAIcal), que està en procés de revisió a la revista BMC Bioinformatics. Analitzant lanàlisi de lús de codons dels genomes completament sequenciats vàrem realitzar una troballa que saparta una mica del tema central de la tesi. Vàrem veure que els genomes que estan adaptats a la (hiper)termofília tenen un patró de lús de codons i daminoàcids diferent a la resta de genomes (mesòfils). Aquest fet ens ha permès descobrir casos de guany i pèrdua (recents i antics) de la capacitat dadaptació termofílica en genomes procariotes. Aquests resultats han donat lloc a una publicació a la revista Trends in Genetics. Durant la tesi he realitzat una estada de 4 mesos (Febrer Juny, 2006) en el laboratori de bioinformàtica del departament de biologia de la universitat nacional dIrlanda a Maynooth sota la supervisió del Dr James McInerney on vaig desenvolupar un nou programa per a la comparació darbres filogenètics anomenat TOPD/FMTS (http://genomes.urv.cat/topd) el qual està publicat a la revista Bioinformatics.
This document abstract is also available in English.
Document Full Text
The full text for this document is available in English.
Bibliographical Information:

Advisor:García Vallvé; Santiago

School:Universitat Rovira i Virgili

School Location:Spain

Source Type:Master's Thesis

Keywords:departament de bioquímica i biotecnologia

ISBN:

Date of Publication:11/29/2007

© 2009 OpenThesis.org. All Rights Reserved.